Na forum mobileread.com znalazłem sposób, jak można robić notatki w pliku PDF. No, może nie do końca w pliku, bo notatki są robione w sposób trochę inny. Mianowicie polega to na użyciu specjalnej wersji scribble, która działa w tle i automatycznie przechwytuje wszelkie zrobione zrzuty ekranu (dodaje je do programu) - wtedy można używać na nich rysika jak w normalnym scribble.